Contestualmente alla sua istituzione, è stato previsto che la Conferenza fosse supportata da un Ufficio di Segreteria, incardinato presso la Presidenza del Consiglio dei Ministri, come disposto dall'art. 10 del decreto legislativo 28 agosto 1997, n. 281.

L’Ufficio di Segreteria ha il compito di garantire il funzionamento della Conferenza stessa organizzandone l’attività, svolgendo sia funzioni istruttorie nei riguardi degli atti e provvedimenti che vengono portati all’attenzione della Conferenza, sia assicurando lo svolgimento delle sedute e provvedendo a tutti gli adempimenti precedenti e successivi (convocazione, verbalizzazione, pubblicazione ecc.).

Il Capo dell’Ufficio svolge le funzioni di Segretario della Conferenza.

In particolare l’Ufficio di Segreteria:

• provvede agli adempimenti preliminari e conseguenti alle riunioni della Conferenza;
• informa sulle determinazioni assunte e sui conseguenti provvedimenti statali;
• svolge attività istruttoria per la Conferenza, assicurando raccordo e coordinamento tra gli uffici dello Stato e delle autonomie locali;
• provvede alla trasmissione alle Associazioni degli Enti locali degli atti dell’Unione europea, ed alla trasmissione al Governo delle eventuali osservazioni formulate al riguardo dalle predette Associazioni;
• svolge funzioni di raccordo con le Prefetture-Uffici territoriali del Governo;
• organizza e coordina l’attività di comitati, gruppi di lavoro, tavoli tecnici ed altri organismi istituiti nell’ambito della Conferenza;
• provvede all’esame ed al confronto in merito alle problematiche tecniche connesse ai provvedimenti di carattere generale che possono incidere sulle funzioni, proprie o delegate, degli Enti locali;
• congiuntamente alla segreteria della Conferenza Stato Regioni, provvede alle attività istruttorie di supporto al funzionamento della Conferenza Unificata.